| 王小忆,李锦松,赵丹,贺锦涛,黄文兵,普元倩,杨文仲,熊伟.基于TCGA数据分析CORO1C基因在胸膜间皮瘤中表达及预后意义[J].井冈山大学自然版,2025,46(3):61-71 |
| 基于TCGA数据分析CORO1C基因在胸膜间皮瘤中表达及预后意义 |
| ANALYSIS OF EXPRESSION AND PROGNOSTIC SIGNIFICANCE OF CORO1C GENE IN PLEURAL MESOTHELIOMA BASED ON TCGA DATA |
| 投稿时间：2025-01-07 修订日期：2025-03-12 |
| DOI：10.3969/j.issn.1674-8085.2025.03.009 |
| 中文关键词: 胸膜间皮瘤 冠状蛋白样肌动蛋白结合蛋白1C 癌症基因组图谱 预后分析 生物信息学分析 |
| 英文关键词: pleural mesothelioma(PM) coronaryxin-like actin-binding protein 1C(CORO1C) the cancer genome atlas(TCGA) prognostic analysis bioinformatics analysis |
| 基金项目:国家自然科学基金项目(82160516，32160167)；云南省应用基础研究计划面上项目(202201AT070004，202301AT070023)；云南省地方高校联合专项青年项目(202101BA070001-282)；云南省地方高校联合专项面上项目(202401BA07001-093) |
| 作者 | 单位 | E-mail | | 王小忆 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000
云南省高校临床生物化学检验重点实验室, 云南, 大理 671000 | | | 李锦松 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000
云南省高校临床生物化学检验重点实验室, 云南, 大理 671000 | | | 赵丹 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000 | | | 贺锦涛 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000 | | | 黄文兵 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000 | | | 普元倩 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000 | | | 杨文仲 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000
云南省高校临床生物化学检验重点实验室, 云南, 大理 671000
云南省昆虫生物医药研发重点实验室, 云南, 大理 671000 | 625618850@qq.com | | 熊伟 | 大理大学基础医学院, 云南, 大理 671000
云南省高校临床生物化学检验重点实验室, 云南, 大理 671000
云南省昆虫生物医药研发重点实验室, 云南, 大理 671000 | xwailp@163.com |
|
| 摘要点击次数: 25 |
| 全文下载次数: 32 |
| 中文摘要: |
| 基于肿瘤数据库探讨冠状蛋白样肌动蛋白结合蛋白1C（coronaryxin-like actin-binding protein 1C, CORO1C）基因在胸膜间皮瘤（pleural mesothelioma, PM）中表达水平及其预后意义。通过运用癌症基因图谱（the cancer genome atlas, TCGA）数据库及GEO数据库，分别下载PM数据集分析其与正常肺组织中CORO1C基因的表达差异，以及PM与CORO1C基因之间的临床病理参数相关性，并进一步分析CORO1C基因表达与PM预后相关性；构建COX回归模型探究影响PM患者预后的独立危险因素；使用TIMER 2.0数据库分析PM样本CORO1C基因表达水平的免疫细胞浸润相关性；使用R语言绘制ROC曲线、进行CORO1C基因富集分析。CORO1C基因在PM组织中高表达（P＜ 0.05），且与PM样本中B淋巴细胞、T淋巴细胞、巨噬细胞、淋巴样祖细胞、内皮细胞、髓样树突状细胞、髓源性抑制细胞呈正相关关系（P＜ 0.05），与激活的NK细胞呈负相关关系（P＜ 0.05）；此外，高表达的CORO1C基因在过氧化氢反应、单链断裂修复、质膜信号受体复合物等通路中发挥作用。CORO1C基因在PM组织中高表达，提示PM预后不良，有望作为PM潜在的初步诊断和预后判断指标。 |
| 英文摘要: |
| Coronaryxin-like actin-binding protein 1C (CORO1C) gene expression in pleural mesothelioma (PM) and its prognostic significance were discussed based on a tumor database. The cancer genome atlas (TCGA) database and GEO database were used to download the PM dataset to analyze the differences in the expression of CORO1C gene and the clinicopathological parameter correlation between PM and CORO1C gene in normal lung tissue, respectively, and further analyze the correlation between CORO1C gene expression and PM prognosis; A COX regression model was constructed to explore the independent risk factors affecting the prognosis of PM patients; the correlation of immune cell infiltration of CORO1C gene expression levels in PM samples was analyzed using the TIMER 2.0 database; and ROC curves were plotted and CORO1C gene enrichment analyses were carried out using the R language. CORO1C gene was highly expressed in PM tissues (P < 0.05) and positively correlated with B-lymphocytes, T-lymphocytes, macrophages, lymphoid progenitor, endothelial, myeloid dendritic, and myeloid-derived suppressor in PM samples (P < 0.05), and negatively correlated with activated NK cells (P < 0.05). The high expression of CORO1C gene in PM tissues suggests poor prognosis of PM, which is expected to be used as a potential preliminary diagnosis and prognostic indicator of PM. |
|
查看全文
查看/发表评论 下载PDF阅读器 |
| 关闭 |
|
|
|
